기계공학 심화 프로그램의 각 구성원의 유기적 연관 및 운영체계는 그림에서와 같이 프로그램위원회, 교과과정위원회, 교육평가위원회, 성적평가관리위원회, 산업체자문위원회 그리고 전체적인 공학인증 운영위원회로 구성된다.

프로그램위원회는 교육목표 설정과 프로그램 전체적인 운영을 담당하며, 교과과정 분석과 개선은 교과과정위원회에서 수행하게 된다. 산업체 인사들과 졸업생의 설문은 산업체자문위원회에서 담당하고 이를 바탕으로 교육목표를 설정하며 달성도를 평가한다. 전입생과 졸업생에 관한 심사는 성적평가관리위원회가 담당하고 있다. 목표확립과정과 평가과정에서 나타난 문제점들은 6년 정도의 주기를 가지고 교육목표 및 프로그램의 개선에 반영하도록 하는 순환적 자율개선형 운영체계가 이루어지도록 하고 있다.